Некий научный Акселератор

Спин-офф аниме «Научный Рейлгун» сосредоточен на персонаже Акселераторе, одном из семи эсперов пятого уровня в Академии-Сити. После потери значительной части сил во время спасения девочки по имени Последний Заказ, Акселератор проходит период восстановления. Его попытка вести спокойную жизнь прерывается, когда он вовлекается в ситуацию с таинственной девушкой, у которой находится фотография юного клона Мисаки Мисаки.

Сюжет развивается, когда выясняется, что за похищением Эстель Розенталь стоит организация «Дисциплинарное Наказание», считающая эсперов злом и стремящаяся к их уничтожению. Группа использует в качестве оружия останки магов, помещённые в роботизированные скафандры. По мере реализации их планов, Акселератор, несмотря на нежелание быть героем, становится ключевой фигурой в противодействии угрозе для Академии-Сити.