Ящик предложений Мэдаки: Сверхлюди

После победы над Мьюри Ундзэном студенческий совет во главе с Медаки Куроками восстановил порядок в Академии Хаконива. Однако период спокойствия оказывается кратковременным. В школе вновь начинают происходить необычные события, связанные с деятельностью директора учебного заведения. Он разрабатывает "План Флакона" - систему мероприятий, направленных на установление контроля над академией через методы манипуляции.

Основное противодействие студенческому совету исходит от группы "Партия тринадцати" под руководством Удо Мияконодзе. Члены этой организации обладают специальными способностями и намерены захватить власть в академии. Одновременно с этим появляется ранее побежденный противник, который возвращается для завершения своих целей. Студенческому совету предстоит противостоять множественным угрозам одновременно.