Медуза не умеет плавать в ночи

Коеми Арараги является учеником старших классов японской школы, скрывающим своё прошлое как вампира. После отказа от вампирской сущности он ведёт обычную жизнь, сосредоточившись на подготовке к выпускным экзаменам. Во время случайного эксперимента Коеми активирует энергетическую воронку, в результате чего в учебном классе остаются только он и его одноклассница, с которой у него имеется неразрешённый конфликт из прошлого.

К расследованию инцидента присоединяется Оги Осино, ученица младших классов, являющаяся племянницей эксперта по сверхъестественным явлениям Мэмэ Осино. Трое учащихся начинают совместное расследование причин возникновения энергетической аномалии. Параллельно с их изысканиями, через образовавшийся разрыв начинают проникать потусторонние сущности, создающие угрозу для обычного мира.